Link, um jovem criado como lutador em uma pequena vila rural, é enviado para levar um presente à família real de Hyrule. Antes que ele possa partir, uma tragédia atinge a vila e ele é arrastado para uma escuridão crepuscular que cobre Hyrule. Ao entrar naquele reino, ele se transforma em lobo e é capturado. Uma figura misteriosa chamada Midna o ajuda a se libertar. Com a ajuda de sua magia, eles partiram para libertar a terra das sombras.